"Tener malas pulgas" = To have bad fleas*

To have bad character, to be bad-tempered.
If it is only a temporary thing we say "Estar de malas pulgas" (just now or today)

Dejalo en paz, que tiene malas pulgas.
Todo el mundo sabe que tu jefe tiene malas pulgas.
Hoy no le molesteis mucho que está de malas pulgas.